Действието на Механизма за гражданска ангажираност и прозрачност е свързано с работа със значителни финансови средства. Прозрачността на управлението им изисква да има независим арбитър, към който заинтересованите страни да се обръщат при необходимост. Затова в рамките на Механизма е създадена фигурата на Медиатора.
Медиаторът е фигура, независима от Програмния оператор, чиято компетентност е насочена към решаване на спорове по отношение на процедурите на Механизма за гражданска ангажираност и прозрачност.